12 évvel ezelőtt egy hatalmas rókadémon pusztította az egyik legnagyobb ninja falut, Konohát. Sok ember vesztette életét a harcban, de a falu legerősebb emberének, a Negyediknek sikerült megállítania a démont. Egy tiltott technikát használt, amivel a démont bezárta egy kisgyerekbe. Ezt a gyereket Narutonak hívták. Naruto szülők nélkül nőtt fel, és a falubeliek utálták, mert a pusztító démont látták benne. Naruto magányosan élte le gyerekkorát, úgy érezte, hogy nem tartozik sehova. Az volt az álma, hogy majd ő lesz a legerősebb ninja a faluban. Az Akadémián se volt egy kitűnő tanuló, amiből ismét nehézségek adódtak. Háromszor elbukott a vizsgán, mert a képességei nem voltak megfelelőek. Mizuki, az egyik vizsgáztató azt mondja Narutonak, hogy másképp is le lehet vizsgázni, csak annyit kell tennie, hogy ellopja a tiltott technikák tekercsét. Naruto ezt meg is teszi, és elkezdi tanulni a tiltott technikákat. Használja az egyik tiltott technikát, ami nem más, mint az Árnyék Klón Technika , és miután tanára Iruka látta, hogy Naruto mire képes, elhatározza, hogy átengedi a vizsgán, és megkapja Iruka homlokvédőjét, ami szimbolizálja azt, hogy ninja lett. A történetben ezek után megjelenik Naruto másik két csapattársa, Sakura és Sasuke. Sasuke lesz Naruto riválisa, aki igazándiból egy tehetséggel, ügyességgel megáldott gyerek, viszont senkit se tekint a barátjának, és nagyon hideg mindenkivel. A csapat ezek után küldetéseket hajt végre, ahol bizonyítaniuk kell, hogy milyen fából faragták őket. A küldetések alatt a csapat összeszokik, fejlődik, beleértve Narutot is, akinek a továbbiakban is az a célja, hogy a falu legerősebb embere (Hokage) legyen…